議会事務局（佐和田行政サービスセンター内）
- 庶務係
- 議会関係規定の制定・改廃、議会の予算・決算、議会広報など
- 議事調査係
- 本会議・委員会の運営補助、請願・陳情の処理、会議録の調製、議会の傍聴、法令・条例等の調査・研究など
会計課
- 出納係
- 税金等公金の収納・保管、公金の支払い事務、現金・財産の記録・管理など
- 審査係
- 支出命令の審査、公金支払いの書類審査、支払いデータ作成など
総務課
- 行政係
- 市議会の招集、文書の収受・発送・管理、条例等の制定・改廃告示、行政手続き、情報公開・個人情報保護など
- 人事係
- 職員の人事・給与・研修・福利厚生、特別職報酬など
- 防災安全係
- 防災、災害対策・援助、国民保護、交通安全対策、交通災害共済、防犯など
- 秘書係
- 市長・副市長の秘書、褒賞、表彰、庁議の運営など
- 広報広聴係
- 市報さど、市政週報、広聴、ホームページなど
- 拉致被害者対策係
- 拉致被害者対策、帰国家族の支援など
市民相談室
- 相談係
- 総合案内、行政相談、市政事務嘱託員など
- 消費生活センター係
- 消費生活センターの運営など
- 注釈
- 市民相談室 消費生活センター係は、佐和田行政サービスセンター内。
総合政策課
- 政策推進係
- 市の政策の総合的な調整・企画など
行政改革課
- 行革推進係
- 事務の合理化・能率化、行政改革大綱・集中改革プランの推進、行政組織の見直し、行政評価など
島づくり推進課
- 島づくり推進係
- 新規事業の開発、ボランティアの支援・育成、NPO法人の設立支援など
世界遺産推進課
- 調査係
- 世界遺産関連の鉱山遺跡・文化的景観等の調査および保存整備など
- 登録推進係
- 世界遺産登録に向けた広報・普及・啓発活動など
文化財室
- 文化財保護係
- 文化財の調査・保存・指定・解除・保護・管理および文化財保護審議会、歴史的景観審議会、名勝天然記念物（現状変更を含む）など
- 埋蔵文化財係
- 埋蔵文化財の調査・保存および埋蔵文化財包蔵地台帳の整備など
財務課
- 予算係
- 予算の編成、決算統計、財政計画、財政事情の公表など
- 調査係
- 地方交付税、交付金、基金の管理、市債等の借入・償還など
- 管財係
- 財産の取得・管理・処分、地縁団体の認可、庁舎管理など
契約検査室
- 契約係
- 工事等の入札・契約、入札参加資格審査など
- 検査係
- 工事等の検査・安全管理など
地域振興課
- 地域振興係
- 地域審議会、男女共同参画、各種統計調査、結婚促進、構造改革特区、地域再生推進、コミュニティ活動の推進、人材育成、地域イベントの調整など
- 離島交流係
- 離島交流、離島振興計画、交流居住・定住促進、準市民、姉妹都市交流、東京事務所の運営など
- 情報政策係
- 電算処理業務システムの管理、データ保護管理、地域情報化の推進、行政ネットワークの維持管理、難視聴対策など
情報センター室（真野行政サービスセンター内）
- 番組制作係
- ケーブルテレビ自主番組の企画・制作・放送など
- 施設管理係
- 加入者の受付管理、使用料徴収、ケーブルテレビ放送施設の整備・管理など
交通政策課
- 生活交通係
- 離島航路の振興、生活交通確保など
空港整備対策室
- 空港対策係
- 佐渡空港拡張整備事業の推進、空港周辺地域の開発整備など
- 空港用地係
- 空港用地の同意取得など
市民生活課
- 戸籍係
- 戸籍、住民基本台帳、印鑑登録、外国人登録、人権擁護、自動車の臨時運行許可、旅券業務など
- 国保係
- 国民健康保険被保険者証の交付、保険給付申請受付（医療費やコルセット等の療養費の支給、高額療養費の支給他）、保健事業（人間ドック他）など
- 年金係
- 国民年金、後期高齢者医療（75歳以上の方と、65歳以上で一定の障がいがある方）被保険者証の交付・医療給付申請受付（医療費やコルセット等の療養費・高額療養費他）、保健事業（人間ドック他）など
健康推進室
- 健康増進係
- 健康づくりの推進・母子保健・歯科保健・予防接種・健康診査・各種がん検診・生活習慣病予防・成人保健等の保健事業の企画・調整、 保健センター・母子保健センターの管理、献血、子どもの医療費助成、医師確保対策、診療所の運営など
- 保健係
- 母子手帳・健康手帳の交付、健康診査・各種がん検診・乳幼児健診・予防接種・相談業務等の保健事業の実施など
税務課
- 市民税係
- 個人市民税・法人市民税・軽自動車税・国民健康保険税・介護保険料・後期高齢者医療保険料の賦課、所得証明の交付など
- 固定資産税係
- 固定資産税の賦課、地籍図・地籍簿の管理・閲覧・写しの交付など
債権収納対策室
- 収納係
- 市税等の収納・減免・滞納整理、納税証明の交付など
- 債権回収係
- 市税等の滞納に係る調査および整理回収など
環境対策課
- 環境企画係
- 環境施策の企画・調整、自然エネルギー（太陽光発電など）の普及促進、地球温暖化対策、環境教育の推進、自然公園の規制など
- 環境対策係
- 公害防止対策、墓地・納骨堂の改葬許可、狂犬病予防、そ族昆虫駆除など
- 廃棄物対策係
- 一般廃棄物処理業等の許認可、ごみ・し尿の収集・運搬、ごみの減量およびリサイクルの推進、不法投棄の防止など
- 施設管理係
- ごみ処理・し尿処理施設および火葬場の管理運営など
両津クリーンセンター│佐渡クリーンセンター│南佐渡クリーンセンター│一般廃棄物最終処分場│南佐渡一般廃棄物最終処分場│国仲清掃センター│南佐渡し尿処理センター│灰溶融固形化施設
社会福祉課
- 地域福祉係
- 民生委員・児童委員、保護司、社会福祉協議会、日本赤十字社、社会福祉施設の運営管理、災害時要援護者台帳の整備、地域福祉計画など
- 援護係
- 生活保護、行旅病人・行旅死亡人、旧軍人・戦没者遺族等の援護など
- 障がい福祉係
- 身体障がい者手帳・療育手帳・精神障がい者保健福祉手帳の交付、障がい者（児）手当、障がい者（児）福祉など
子育て支援室
- 子育て支援係
- 子ども手当、児童扶養手当、ひとり親家庭等医療費助成、児童館・放課後児童クラブ、次世代育成支援など
- 保育係
- 保育園の入・退園手続き、保育園の給食、食育指導など
児童家庭支援センター
- 児童家庭支援センター
- 児童虐待・非行・家庭内暴力等の相談、要保護児童・保護者への支援、育児支援、母子生活支援施設の運営管理など
保育園│へき地保育園
高齢福祉課
- 高齢福祉係
- 高齢者在宅福祉、老人クラブ、シルバー人材センター、老人福祉施設の整備など
- 介護保険係
- 介護保険被保険者証の交付、保険給付、介護認定審査会の運営、認定調査、地域支援事業、地域包括支援センターの指導及び支援、高齢者の虐待防止・擁護者への支援、介護施設整備の推進など
待鶴荘│ときわ荘│歌代の里│すこやか両津
農林水産課（市役所第2庁舎）
- 農業企画係
- 農業者・新規就農者の育成支援、認定農業者の支援、農業生産組織・農業生産法人の育成、農地・水・保全管理、中山間地域等直接支払い制度、有害鳥獣駆除など
- 畜産係
- 畜産振興、放牧場の管理運営など
- 農村整備係
- 農業農村整備事業、国営・県営総合土地改良事業、農地農業用施設災害復旧、埋設農薬、国土調査など
- 林業振興係
- 林業振興、林道の整備・維持管理、治山・保安林、災害復旧など
- 水産振興係
- 水産業振興、水産団体の指導育成、漁港区域内の漂着物・沈没船の処理、海洋深層水水産施設の維持管理、漁港の整備・維持管理、漁港および海岸施設災害復旧など
生物多様性推進室
- 生物（いきもの）共生推進係
- 生物多様性の保全、自然生態系と地域経済戦略、農林水産物有利販売、朱鷺と暮らす郷づくり認証制度など
- 生産振興係
- 主要農産物の生産振興、病害虫防除、環境保全型農業、農業者個別所得補償制度など
- 地産地消推進係
- 地産地消事業の推進など
- トキ政策係
- トキ野生復帰、トキ保護・普及啓発など
トキ交流会館│トキの森公園
観光商工課（市役所第2庁舎）
- 観光振興係
- 誘客宣伝、観光振興など
- 観光施設係
- 観光施設の管理、整備・開発など
- 国際観光係
- 外国人旅行客の誘致促進、国際交流、国際観光振興など
- 体験学習誘致係
- 合宿・体験学習等の誘致促進、グリーン・ツーリズムなど
- 商工振興係
- 商工業の振興、制度融資、物産振興、海洋深層水利活用の促進、海洋深層水利活用施設の維持管理など
- 企業誘致係
- 企業の育成・誘致、地域雇用の促進など
建設課
- 管理係
- 市道・水路等の認定・廃止・占用、道路橋りょうの管理、街路灯・防犯灯の管理など
- 建設係
- 市道・交通安全施設等の建設事業、国県事業の調整・推進、公共土木施設の災害復旧など
- 住宅係
- 市営住宅の維持管理、市営住宅の入居・使用料の徴収、建築確認申請（経由）、都市計画、土地利用計画、景観など
- 建築係
- 公用および公共施設の建築、耐震診断・耐震改修など
- 用地係
- 公共用地の取得、物件補償・登記、地価公示など
- 道路公園維持係
- 道路・公園の維持管理、除雪、建設・除雪車両の管理など
上下水道課（真野行政サービスセンター内）
- 庶務係
- 水道事業会計・簡易水道特別会計・下水道特別会計の予算編成・決算など
- 業務係
- 上下水道の使用開始・中止・変更の届出受付、上下水道料金、水道メーターの管理など
- 維持管理係
- 上下水道新規加入・廃止等の受付、施設の維持管理、合併浄化槽関連事務など
- 水道工務係
- 水道施設の改良工事・更新工事・整備計画など
- 下水道工務係
- 下水道の建設事業、下水道施設等の災害復旧など
- 普及促進係
- 普及促進、受益者負担金・分担金の賦課・徴収、滞納整理など
選挙管理委員会
事務局
- 選挙係
- 各種選挙の管理・執行、選挙人名簿の調製、定時登録など
監査委員
事務局
- 監査係
- 定期監査、決算審査、例月現金出納検査、随時監査、財政健全化判断比率等の審査など
固定資産評価審査委員会
事務局
- 固定資産税の価格に関する不服の審査決定など
農業委員会（市役所第2庁舎）
事務局
- 農地係
- 農地の権利移動（売買）等の許可、転用申請の受付、農地関係の証明書交付、農業委員会委員選挙人名簿、和解の仲介、農業委員会総会・部会の開催など
- 農政係
- 利用権設定および合意解約、農家基本台帳の管理、農作業標準賃金・賃貸借情報の作成、農林公社業務（農地保有合理化事業）、農業者年金基金業務、全国農業新聞業務など